«منظومه فکری حضرت آیت الله العظمی خامنه ای»، در چهار بخش نظام های بینشی، نظام های منشی و رفتاری، نظام های اجتماعی اسلام و اهداف اجتماعی اسلام تدوین شده است.

این اثر نشان می دهد که فرمایشات معظم له از نظام هماهنگی برخوردار است به گونه ای که اجزائش یک کل نظام مند را تشکیل می دهد که ادامه دهنده گفتمان فکری علمای گذشته و استمراربخش گفتمان امام خمینی رحمت الله علیه است و با رویکرد اجتهادی به مسایل معاصر می پردازد.

تمدن اسلامی، مبتنی بر منظومه فکری مقام معظم رهبری، توحیدمحور است؛ توحیدی که نه تنها در عقیده و قلب آدمیان حضور دارد؛ بلکه همانند روحی، همه ساحت های فردی و اجتماعی، مُلکی و ملکوتی انسان را احاطه کرده است. آزادی و استقلال و دانش و قدرت و سیاست و قضاوت و امنیت و دفاع و …، جملگی توحیدی هستند.